Sau 16 năm làm giám mục Kamloops, giáo hoàng chấp nhận cho Sabatini từ chức vào ngày 2 tháng 9 năm 1999.[1] Sau đó, ông trở về quê nhà Chicago và rút lui khỏi chức vụ hiện tại.[4][22] Tuy nhiên, Francis Eugene George – tổng giám mục Chicago – đã yêu cầu ông nhận chức vụ linh mục chính xứ tại Nhà thờ Mân Côi, một giáo xứ Ý trước đây ở phía Tây Bắc (khu vực của Chicago mà ông sinh ra và lớn lên). Trước khi đảm nhận vai trò này vào ngày 1 tháng 6 năm 2000, Sabatini đã đến México để hiểu biết hơn về ngôn ngữ và văn hóa của nhà thờ mà giáo dân chủ yếu là người gốc Tây Ban Nha.[4] Ông cử hành lễ kim khánh linh mục của mình vào tháng 3 năm 2007[4] và nghỉ hưu với tư cách là linh mục của giáo xứ vào năm tiếp theo.[16]